圣琼斯教堂最初是多米尼克会的修道院和小礼拜堂，是为圣托马斯·阿奎那（Saint Thomas Aquinas）而建的，1865年耶稣会士接管后被更名。

    无论用哪一个名字，圣琼斯教堂都是一个引人关注的地方。其哥特式的建筑细节给人留下了深刻的印象。历史和艺术爱好者们将可以看到波多黎各的第一任总督胡安·庞塞·德莱昂（Juan Ponce de Léon）（青春之泉传说中的主角）捐赠的16世纪的木制十字架。15世纪的祭坛是从西班牙的加的斯（Cadiz）带到圣胡安来的。

    波多黎各最著名的艺术家琼斯·坎佩切（José Campeche）就葬在这里。胡安·庞塞·德莱昂最初也是躺在这里安息的，但后来他的遗体被迁移到圣胡安大教堂中一个更雅致的环境去了。他的徽章挂满了一面墙，而他的雕像，1797年从英国人手里捕获大炮的青铜铸雕像，伫立在教堂前的一个小广场的中央。